吉首大学博物馆位于吉首大学砂子坳校区，2006年10月建成开馆，2026年7月正式备案为国有博物馆。博物馆先后获批“全国人文社科普及基地”“全国科普教育基地”“湖南省社会科学普及宣传基地”“湖南省科普教育基地”“湖南省爱国主义教育基地”“湖南省民族团结进步教育基地”“湖南省青少年教育基地”“武陵山（湘西）土家族苗族文化生态保护区非遗研习基地”，现为中国博物馆协会团体会员单位、中国高校博物馆联盟常委单位。

吉首大学博物馆建筑面积约7000平方米，锚定藏品展示、学术研究、文化育人、社会服务四大核心功能，以黄永玉艺术博物馆、沈从文纪念馆、校史馆、湘西民族文化馆、武陵山生物科学馆、里耶秦简研究院等特色场馆为核心，构建“一馆多区、馆区融合”的集群化展示与运营格局，打造集历史记忆、文化艺术、科学探索于一体的综合性、现代化高校博物馆，推动高校优质文博资源向社会公众有序开放，助力湖南省、湘西州文旅深度融合发展。